孙小系,男,汉族,1953年4月出生,山东荣成人。1987年11月加入中国共产党。1969年3月参加工作。上海财经学院经济系政治经济学专业毕业,研究生学历,经济学硕士。
1969年3月—1971年12月,吉林省珲春县三家子公社知青。
1971年12月—1973年9月,安徽省枞阳县长风公社知青。
1973年9月—1976年9月,华东石油学院机械系自动化专业学习。
1976年9月—1982年9月,安徽省安庆石化总厂技术员。
1982年9月—1985年8月,上海财经学院经济系政治经济学专业硕士研究生。
1985年8月—1988年5月,国家计划委员会国民经济综合司干部。
1988年5月—1991年9月,国家计划委员会国民经济综合司国民收入处副处长。
1991年9月—1995年3月,国家计划委员会国民经济综合司国民收入处处长、综合处处长。
1995年3月—1998年6月,国家计划委员会国民经济综合司副司长。
1998年6月—1999年10月,国家发展计划委员会地区经济发展司司长。
1999年10月—2002年9月,国家发展计划委员会国民经济综合司司长。
2002年9月—2007年11月,甘肃省副省长、省政府党组成员。
2007年11月,甘肃省副省长、省政府党组成员,全国社会保障基金理事会党组成员。
2007年12月,任全国社会保障基金理事会党组成员、副理事长。